Muzeum Kultury Kurpiowskiej zarządzane jest przez Dyrektora, którego powołuje i odwołuje Zarząd Województwa Mazowieckiego na zasadach i w trybie przewidzianym w obowiązujących przepisach.
Dyrektor zarządza Muzeum przy pomocy wicedyrektora i głównego księgowego oraz podporządkowanych mu kierowników działów.